Az anyatej nem teljes mértékben védi meg a csecsemőket a rotavírus fertőzéstől, mivel az anyai immunitás nagyon rövid ideig tart (legfeljebb a baba 9 hónapos koráig).
A vakcina az egyetlen megoldás, amivel megelőzhető a betegség. A védőoltás 6 hetes kortól adható, 2 alkalommal kell beadni, 4 hetes eltéréssel. Így védettség akár már a baba 12 hetes korára kialakulhat. A rotavírus vakcina beadása felső korhatárhoz kötött, 24 hetes korig mindkét oltást be kell adni. A fertőzésnek a 6-24 hónapos korban a legnagyobb az előfordulási gyakorisága, ekkora a védőoltás már védettséget biztosít a babáknak.